「幻影騎士団ミストクロウズ」の『②：このカードが墓地に存在する場合、相手の直接攻撃宣言時に自分の墓地のレベル４以下の「幻影騎士団」モンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターを特殊召喚し、このカードはそのモンスターと同じ元々のレベルを持つ通常モンスター（戦士族・闇・攻／守０）となり、モンスターゾーンに特殊召喚する（罠カードとしては扱わない）。この効果で特殊召喚したこのカードは、フィールドから離れた場合に除外される』効果を発動し、自分の墓地の「幻影騎士団サイレントブーツ」を対象としました。

その後、その「幻影騎士団サイレントブーツ」が戦闘やカードの効果で破壊される等によってフィールドを離れる場合、除外されますか？

『この効果で特殊召喚したこのカードは、フィールドから離れた場合に除外される』効果が適用されるのは、モンスターカード扱いとして特殊召喚された「幻影騎士団ミストクロウズ」自身のみとなります。

したがって、「幻影騎士団ミストクロウズ」の効果の対象となり、墓地から特殊召喚された、レベル4以下の「幻影騎士団」と名のついたモンスター（＝質問の状況の場合、「幻影騎士団サイレントブーツ」）は、戦闘やカードの効果で破壊される等によってフィールドを離れたとしても除外される事はありません。