自分のモンスターゾーンに「ブレイブアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」が表側表示で存在し、『②：このカードがモンスターゾーンに存在する限り、攻撃力０のモンスターが発動した効果は無効化される』モンスター効果が適用されています。

この状況で、相手が「流星竜メテオ・ブラック・ドラゴン」の『①：このカードが融合召喚に成功した場合に発動できる。手札・デッキから「レッドアイズ」モンスター１体を墓地へ送り、そのモンスターの元々の攻撃力の半分のダメージを相手に与える』モンスター効果を発動しました。

その発動にチェーンして、自分が「墓地墓地の恨み」の『相手の墓地のカードが８枚以上の場合に発動できる。相手フィールド上の全てのモンスターの攻撃力を０にする』効果を発動し、相手の「流星竜メテオ・ブラック・ドラゴン」の攻撃力が0になった場合、そのモンスター効果は無効化されますか？

「ブレイブアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」のモンスター効果が適用されている場合、攻撃力0のモンスターが発動した効果は無効化されます。

質問の状況の場合、チェーンして発動した「墓地墓地の恨み」の効果によって、「流星竜メテオ・ブラック・ドラゴン」の攻撃力は0になりますが、そのモンスター効果の発動が行われた際には攻撃力が0ではありませんので、「ブレイブアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」のモンスター効果によってその効果処理は無効化されず、『手札・デッキから「レッドアイズ」モンスター１体を墓地へ送り、そのモンスターの元々の攻撃力の半分のダメージを相手に与える』処理は通常通り適用される事になります。