自分が手札の「真竜皇リトスアジムD」の『①：自分メインフェイズに発動できる。このカード以外の手札及び自分フィールドの表側表示モンスターの中から、地属性モンスターを含むモンスター２体を破壊し、このカードを手札から特殊召喚し、地属性モンスター２体を破壊した場合、相手のエクストラデッキを確認してその中からモンスターを３種類まで選んで除外できる』モンスター効果を発動しました。

その効果処理で地属性モンスター2体を破壊し、相手のエクストラデッキのカードを確認した際に、相手のエクストラデッキに「十二獣ブルホーン」「十二獣タイグリス」「十二獣ドランシア」がそれぞれ3枚ずつあった場合、それらを全て除外しますか？

手札の「真竜皇リトスアジムD」のモンスター効果によって相手のエクストラデッキを確認した際に、その中から3種類までのカードを選び除外しますが、除外する枚数は1種類につき1枚となりますので、相手のエクストラデッキにその同名カードが複数枚存在する場合でも、エクストラデッキからその同名カードが全て除外されるという事はありません。

質問の状況の場合、「十二獣ブルホーン」「十二獣タイグリス」「十二獣ドランシア」の3種類を選んだのであれば、それぞれを1枚ずつ、合計で3枚のカードが相手のエクストラデッキから除外される事になります。