「EMオールカバー・ヒッポ」の『①：このカードが召喚に成功した時に発動できる。手札から「EM」モンスター１体を特殊召喚する。この効果で特殊召喚したモンスターの効果はターン終了時まで無効化される』モンスター効果によって「EMジンライノ」が特殊召喚されました。

その後、その「EMジンライノ」が墓地へ送られている場合、墓地の「EMジンライノ」の『②：このカードが墓地に存在し、「EMジンライノ」以外の自分フィールドの「EM」カードが戦闘・効果で破壊される場合、代わりに墓地のこのカードを除外できる』モンスター効果は無効化されますか？

質問の状況のように、「EMオールカバー・ヒッポ」のモンスター効果によって特殊召喚され、効果が無効化されているモンスターが墓地へ送られた場合、そのモンスターのモンスター効果は無効化されていない状態に戻ります。

したがって、墓地の「EMジンライノ」の『②：このカードが墓地に存在し、「EMジンライノ」以外の自分フィールドの「EM」カードが戦闘・効果で破壊される場合、代わりに墓地のこのカードを除外できる』モンスター効果は無効化されず、通常通り適用する事ができます。