「水晶機巧－シトリィ」の『①：相手のメインフェイズ及びバトルフェイズに、チューナー以外の自分の墓地のモンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターを効果を無効にして特殊召喚し、そのモンスターとこのカードのみを素材として機械族Sモンスター１体をS召喚する。その時のS素材モンスターは墓地へは行かず除外される』モンスター効果によって、墓地の「共振虫」を特殊召喚し、「水晶機巧－アメトリクス」をシンクロ召喚しました。

この場合、「共振虫」の『②：このカードが除外された場合に発動できる。デッキから「共振虫」以外の昆虫族モンスター１体を墓地へ送る』モンスター効果の処理はどうなりますか？

「水晶機巧－シトリィ」のモンスター効果によって特殊召喚されたモンスターは効果が無効化された状態で特殊召喚され、その後、機械族のシンクロモンスターをシンクロ召喚する際のシンクロ素材として使用され除外される事になります。

質問の状況の場合、「水晶機巧－アメトリクス」のシンクロ召喚に成功した際に、「水晶機巧－アメトリクス」の『①：このカードがS召喚に成功した場合に発動できる。相手フィールドの特殊召喚された表側表示モンスターを全て守備表示にする』モンスター効果と、「共振虫」のモンスター効果を任意の順番でチェーンを組み、発動する事ができます。

除外された「共振虫」は、「水晶機巧－シトリィ」のモンスター効果によってモンスター効果が無効化されていない状態となりますので、『デッキから「共振虫」以外の昆虫族モンスター１体を墓地へ送る』処理は通常通り適用される事になります。