カウンターが2つ置かれている「No.51 怪腕のフィニッシュ・ホールド」が戦闘を行い、『②：このカードが戦闘を行ったダメージステップ終了時に、このカードのX素材を１つ取り除いて発動できる。このカードにカウンターを１つ置く（最大３つまで）』モンスター効果によって3つ目のカウンターを置きました。

このターンのバトルフェイズ終了時に、「No.51 怪腕のフィニッシュ・ホールド」の『③：このカードが戦闘を行ったバトルフェイズ終了時、このカードにカウンターが３つ置かれている場合に発動できる。相手フィールドのカードを全て破壊する』モンスター効果を発動する事はできますか？

質問の状況の場合、その「No.51 怪腕のフィニッシュ・ホールド」は戦闘を行っており、カウンターが3つ置かれている状態でバトルフェイズ終了時を迎えていますので、『相手フィールドのカードを全て破壊する』モンスター効果を発動する事ができます。