「マジカルシルクハット」の『①：相手バトルフェイズに発動できる。デッキから魔法・罠カード２枚を選び、そのカード２枚を通常モンスターカード扱い（攻／守０）として、自分フィールドのモンスター１体と合わせてシャッフルして裏側守備表示でセットする。この効果でデッキから特殊召喚したカードはバトルフェイズの間しか存在できず、バトルフェイズ終了時に破壊される』効果によって、2枚の「マジシャンズ・プロテクション」がモンスターカード扱いとして特殊召喚されました。

その後、そのモンスターカード扱いとなった「マジシャンズ・プロテクション」が戦闘で破壊され墓地へ送られた場合や、戦闘では破壊されずバトルフェイズ終了時に破壊され墓地へ送られた場合、破壊された「マジシャンズ・プロテクション」の『②：このカードがフィールドから墓地へ送られた場合、自分の墓地の魔法使い族モンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターを特殊召喚する』効果を発動する事はできますか？

質問の状況のように、「マジカルシルクハット」の効果処理によってモンスターカード扱いとなった「マジシャンズ・プロテクション」が戦闘やバトルフェイズ終了時の処理にて破壊された場合でも、『このカードがフィールドから墓地へ送られた場合』にあたりますので、その「マジシャンズ・プロテクション」の効果を発動し、処理を行う事ができます。
（ただし、自分の墓地に特殊召喚が行える魔法使い族モンスターが存在していなければ効果を発動する事はできません。）