「方界胤ヴィジャム」の『②：このカードが相手モンスターと戦闘を行ったダメージステップ終了時に発動できる。モンスターゾーンのこのカードを永続魔法カード扱いとして自分の魔法＆罠ゾーンに表側表示で置き、その相手モンスターに方界カウンターを１つ置く。方界カウンターが置かれたモンスターは攻撃できず、効果は無効化される』モンスター効果の処理などによってモンスターに置かれる方界カウンターは1体につき1つのみ置く事ができますか？

方界カウンターはモンスター1体につき1つのみ置く事ができるカウンターではありません。

例えば、「方界胤ヴィジャム」のモンスター効果によって方界カウンターが置かれているモンスターに、「方界波動」の『②：自分の墓地から、このカードと「方界」モンスターを任意の数だけ除外し、除外した「方界」モンスターの数だけ相手フィールドの表側表示モンスターを対象として発動できる。そのモンスターに方界カウンターを１つずつ置く。方界カウンターが置かれたモンスターは攻撃できず、効果は無効化される』効果によって、さらに方界カウンターを置く事もできます。