「方界曼荼羅」の『①：自分フィールドに「方界」モンスターが存在する場合、このターン破壊され相手の墓地へ送られたモンスターを任意の数だけ対象としてこのカードを発動できる。そのモンスターの攻撃力を０にして相手フィールドに特殊召喚し、そのモンスターに方界カウンターを１つずつ置く。方界カウンターが置かれたモンスターは攻撃できず、効果は無効化される』効果によって、「岩石の番兵」を相手のモンスターゾーンに特殊召喚しました。

その後、「月の書」が発動し、その「岩石の番兵」が裏側守備表示になった場合、適用されている「方界曼荼羅」の効果はどうなりますか？

質問の状況の場合、裏側守備表示となった「岩石の番兵」は「方界曼荼羅」の対象から外れる事になりますので、『②：対象のモンスターが相手フィールドに存在する限り、相手が発動したモンスターの効果は無効化される』効果の適用はなくなります。

また、0になっていた攻撃力は元に戻り、置かれていた方界カウンターも取り除かれます。（方界カウンターが取り除かれた事で、『方界カウンターが置かれたモンスターは攻撃できず、効果は無効化される』効果の適用もなくなります。）

なお、この場合、『③：対象のモンスターが全てフィールドから離れた場合にこのカードは破壊される』効果が適用される事はなく、「方界曼荼羅」は魔法＆罠ゾーンに表側表示で残る事になります。