自分のペンデュラムゾーンに「DD魔導賢者トーマス」と「DD魔導賢者ニコラ」が存在しています。

この状況で、ペンデュラムゾーンの「DD魔導賢者ニコラ」が破壊され、『①：このカードがPゾーンで破壊された場合、自分フィールドの「DDD」モンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターを持ち主の手札に戻し、自分のエクストラデッキから表側表示の「DD」Pモンスターを２体まで選んで自分のPゾーンに置く。そのカードのP効果はこのターン発動できない』モンスター効果を発動する場合、自分のエクストラデッキから表側表示の「DD」と名のついたペンデュラムモンスターを2体選ぶ事はできますか？

質問の状況の場合、自分のペンデュラムゾーンは、破壊された「DD魔導賢者ニコラ」が置かれていたゾーン1ヵ所のみが空いている状態となります。

この場合でも「DD魔導賢者ニコラ」のモンスター効果を発動する事はできますが、エクストラデッキから選ぶ表側表示の「DD」と名のついたペンデュラムモンスターは1体のみ選び、自分のペンデュラムゾーンに置く事になります。
（自分のエクストラデッキから表側表示の「DD」と名のついたペンデュラムモンスターを2体選ぶ事はできません。）