自分のペンデュラムゾーンに「EMホタルクス」が存在し、自分のモンスターゾーンには「EMスパイク・イーグル」が表側守備表示で存在しています。

この状況で、相手の「ゴヨウ・プレデター」が「EMスパイク・イーグル」に攻撃を宣言した際に、「EMスパイク・イーグル」をリリースして「EMホタルクス」の『①：１ターンに１度、相手モンスターの攻撃宣言時に自分フィールドの「EM」モンスター１体をリリースして発動できる。その攻撃を無効にし、その後バトルフェイズを終了する』ペンデュラム効果を発動しました。

その発動にチェーンして「禁じられた聖槍」が発動し、相手の「ゴヨウ・プレデター」が魔法カードの効果を受けなくなった場合、処理はどうなりますか？

質問の状況の場合、攻撃宣言を行った「ゴヨウ・プレデター」は魔法カードの効果を受けない状態となっていますので、「EMホタルクス」のペンデュラム効果の『その攻撃を無効にし』の効果を受けません。（『その後バトルフェイズを終了する』効果も適用されません。）

この場合、自分フィールドの「EMスパイク・イーグル」がリリースされフィールドに存在しなくなっていますので、戦闘の巻き戻しが発生します。
相手は「ゴヨウ・プレデター」でそのまま攻撃を行うか、攻撃を取りやめるかを選ぶ事になります。