「アモルファージ・キャヴム」の『①：自分フィールドに「アモルファージ」モンスターが存在する限り、お互いに魔法・罠・モンスターの効果をチェーンして発動できない』ペンデュラム効果が適用されており、相手のモンスターゾーンには「禁じられた聖槍」の効果が適用された「ナチュル・パルキオン」が表側表示で存在しています。

この状況で、自分が「強制脱出装置」を発動した場合、相手はチェーンして「ナチュル・パルキオン」の『①：罠カードが発動した時、自分の墓地のカード２枚を除外して発動できる。このカードがフィールドに表側表示で存在する場合、その発動を無効にし破壊する』モンスター効果を発動する事はできますか？

「アモルファージ・キャヴム」のペンデュラム効果は、モンスターに適用される効果の扱いではありません。

したがって、質問の状況のように、「禁じられた聖槍」の効果によって魔法カードの効果を受けない状態の「ナチュル・パルキオン」であっても、「アモルファージ・キャヴム」のペンデュラム効果が適用されている場合には、チェーンして効果を発動する事はできません。