「RR－アルティメット・ファルコン」の『●お互いのエンドフェイズ毎に発動できる。相手フィールドのモンスターの攻撃力は１０００ダウンする。相手フィールドに表側表示モンスターが存在しない場合、相手に１０００ダメージを与える』モンスター効果が発動し、相手のモンスターゾーンに表側表示で存在する「彼岸の旅人 ダンテ」の攻撃力が1000ダウンしています。

そのエンドフェイズに、「彼岸の悪鬼 ファーファレル」の『③：このカードが墓地へ送られた場合、フィールドのモンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターをエンドフェイズまで除外する』効果によって除外されていた「彼岸の詩人 ウェルギリウス」が相手のモンスターゾーンに戻った場合、その攻撃力も1000ダウンする事になりますか？

お互いのエンドフェイズに発動する事ができる「RR－アルティメット・ファルコン」のモンスター効果は、その効果処理の際に、相手のモンスターゾーンに表側表示で存在するモンスターの攻撃力を1000ダウンする効果です。

したがって、質問の状況のように、「彼岸の悪鬼 ファーファレル」のモンスター効果によって除外されていた「彼岸の詩人 ウェルギリウス」が後からモンスターゾーンに戻った場合には、そのモンスターには攻撃力を1000ダウンする処理は適用されません。