「不屈の闘志」の発動にチェーンして相手が「エネミーコントローラー」を発動し、「不屈の闘志」の対象となっているモンスターのコントロールを得ました。

この場合、「不屈の闘志」の『そのモンスターの攻撃力はターン終了時まで、相手フィールドの攻撃力が一番低いモンスターの攻撃力分アップする』効果の処理はどうなりますか？

「不屈の闘志」は、その効果処理の際に、相手のモンスターゾーンに表側表示で存在するモンスターの中で、攻撃力が一番低いモンスターの攻撃力の数値分、対象のモンスターの攻撃力をアップします。

したがって、質問の状況の場合でも、「不屈の闘志」の効果処理は通常通り適用され、対象のモンスターの攻撃力をアップします。

（なお、コントロールが相手に移った、「不屈の闘志」の対象となったモンスターが『相手フィールドの攻撃力が一番低いモンスター』にあたる場合には、そのモンスターの攻撃力分、攻撃力がアップする事になります。）