「魔封じの芳香」の効果の適用中に、自分は「超重武者ヌス－１０」の『●相手のPゾーンのカード１枚を選んで破壊する。その後、破壊したそのカードを自分のPゾーンに置く事ができる』モンスター効果によって相手のペンデュラムゾーンのカードを破壊した場合、効果処理はどうなりますか？

質問の状況の場合、「魔封じの芳香」の『①：このカードが魔法＆罠ゾーンに存在する限り、お互いに魔法カードはセットしなければ発動できず、セットしたプレイヤーから見て次の自分ターンが来るまで発動できない』効果が適用されていますが、「超重武者ヌス－１０」のモンスター効果の『その後、破壊したそのカードを自分のPゾーンに置く事ができる』処理は、ペンデュラムゾーンに魔法カードを発動する扱いではありませんので、通常通り、効果処理を行う事ができます。
（選んだペンデュラムゾーンのカードは破壊され、さらに自分のペンデュラムゾーンに置く処理も通常通り適用されます。）