相手の「超魔導剣士－ブラック・パラディン」の『②：魔法カードが発動した時、手札を１枚捨てて発動できる。このカードがフィールドに表側表示で存在する場合、その発動を無効にし破壊する』効果の発動にチェーンして、「聖珖神竜 スターダスト・シフル」の『②：１ターンに１度、相手がモンスターの効果を発動した時に発動できる。その効果を無効にし、フィールドのカード１枚を選んで破壊する』効果を発動し、その効果を無効にした場合、相手の「超魔導剣士－ブラック・パラディン」の『①：このカードの攻撃力は、お互いのフィールド・墓地のドラゴン族モンスターの数×５００アップする』効果も無効になりますか？

「聖珖神竜 スターダスト・シフル」の『②：１ターンに１度、相手がモンスターの効果を発動した時に発動できる。その効果を無効にし、フィールドのカード１枚を選んで破壊する』効果で、相手が発動したモンスターの効果に直接チェーンして発動し、その相手が発動した効果のチェーンブロックにて行われる処理のみを無効にします。

したがって、質問の状況の場合であれば、相手の「超魔導剣士－ブラック・パラディン」の『①：このカードの攻撃力は、お互いのフィールド・墓地のドラゴン族モンスターの数×５００アップする』効果は無効にはなりませんし、『②：魔法カードが発動した時、手札を１枚捨てて発動できる。このカードがフィールドに表側表示で存在する場合、その発動を無効にし破壊する』効果自体も無効になってはいませんので、他の魔法カードが発動した際には効果を発動し、通常通り効果を適用する事ができます。