「揺れる眼差し」の効果処理によって、ペンデュラムゾーンのカードを3枚破壊しました。

その場合、『●３枚以上：フィールドのカード１枚を選んで除外できる』処理はどのように行いますか？

「揺れる眼差し」の効果は対象を取る効果ではありません。

『●３枚以上：フィールドのカード１枚を選んで除外できる』効果処理を行う際に、除外するカードを選びます。

ペンデュラムゾーンのカードは「揺れる眼差し」の処理によって既に破壊されフィールドに存在していませんので除外するカードには選べません。
また、発動した「揺れる眼差し」自身を選ぶ事はできません。

その他で自分または相手フィールドに存在しているカードの中から除外するカードを選ぶ事になりますので、他に除外できるカードがない場合には、『●３枚以上：』の処理を行うとする事自体ができません。