相手のペンデュラムゾーンの「クリフォート・ツール」と「クリフォート・アセンブラ」を対象として、自分が「共鳴する振動」を発動しているターンです。

そのターンに自分がペンデュラム召喚する際に、相手のペンデュラムスケール一組を使用する場合、自分は「クリフォート」と名のついたモンスターしかペンデュラム召喚できなくなりますか？

「共鳴する振動」の効果の対象として選択された２枚のペンデュラムモンスターのペンデュラムスケールを使用する事はできますが、その選択した２枚のペンデュラムモンスターのペンデュラム効果を使用できるわけではありません。

したがって、質問の状況の場合、「クリフォート・ツール」の９と、「クリフォート・アセンブラ」の１を使用して、レベル２～８のペンデュラムモンスターをエクストラデッキから特殊召喚する事になります。この時、「クリフォート」と名のついたモンスター以外をペンデュラム召喚できない、という事はありません。