自分が魔法＆罠ゾーンにセットされている「魔導変換」を表にして発動しました。

その発動にチェーンして、自分が「魔導加速」の『①：自分のデッキの上からカードを２枚墓地へ送り、フィールドの魔力カウンターを置く事ができるカード１枚を対象として発動できる。そのカードに魔力カウンターを２つまで置く』効果を発動する際に、対象として、その「魔導変換」を選択する事はできますか？

「魔導変換」はカードの発動時の処理が完了した際に、『①：このカードが魔法＆罠ゾーンに存在する限り、相手モンスターの効果が発動する度に、このカードに魔力カウンターを１つ置く』効果によって、魔力カウンターを置く事ができるカードとして扱われます。

したがって、質問の状況のように、「魔導変換」のカードの発動にチェーンして「魔導加速」を発動する場合、その「魔導変換」を対象とする事はできません。
（魔力カウンターを置く事ができるカードがフィールドに存在しない場合には、「魔導加速」を発動する事自体ができません。）