「義賊の極意書」の対象となっている「魅惑の怪盗」がそのターンに相手が発動した「エネミーコントローラー」の『●自分フィールドのモンスター１体をリリースし、相手フィールドの表側表示モンスター１体を対象として発動できる。その表側表示モンスターのコントロールをエンドフェイズまで得る』効果によってコントロールが相手へと移りました。

このターン中に自分が「所有者の刻印」を発動し、コントロールが自分に戻ったその「魅惑の怪盗」で攻撃を行った場合、「義賊の極意書」の『相手の手札をランダムに２枚捨てる』効果は適用されますか？

「義賊の極意書」の対象となったモンスターのコントロールがその後に相手に移った場合でも、「義賊の極意書」の効果は適用されたままです。

質問の状況のように、そのターンにて再びコントロールが自分に戻り、その攻撃で相手に戦闘ダメージを与えた際には、『相手の手札をランダムに２枚捨てる』効果が適用される事になります。