相手が「D３」の『②：手札を２枚まで捨てて発動できる。捨てた数だけ自分の手札・デッキ・墓地から「D３」を選んで特殊召喚する。この効果の発動後、ターン終了時まで自分は「D-HERO」モンスターしか召喚・特殊召喚できない』モンスター効果を発動し、手札・デッキ・墓地から2体の「D３」の特殊召喚に成功しました。

この時、自分は、「電網の落とし穴」の『①：相手がデッキ・墓地からモンスターを特殊召喚した時に発動できる。そのモンスターを裏側表示で除外する』効果を発動する事はできますか？

質問の状況の場合、相手が「D３」のモンスター効果によって特殊召喚に成功した2体の同名カードの内、1体でもデッキまたは墓地から特殊召喚されているのであれば、自分は「電網の落とし穴」を発動する事ができます。

その場合、裏側表示で除外されるモンスターは相手がデッキまたは墓地から特殊召喚したモンスターのみです。
例えば、手札と墓地から1体ずつ「D３」を特殊召喚しているような場合には、墓地から特殊召喚された「D３」1体のみが「電網の落とし穴」の効果によって裏側表示で除外される事になります。