「聖騎士ボールス」の『デッキから「聖剣」カード３枚を相手に見せ、相手はその中からランダムに１枚選ぶ。そのカード１枚を自分の手札に加え、残りを墓地へ送る』効果の発動にチェーンした「針虫の巣窟」の効果によって、自分のデッキに「聖剣」と名のついたカードが2枚以下になった場合、処理はどうなりますか？

「聖騎士ボールス」の『デッキから「聖剣」カード３枚を相手に見せ、相手はその中からランダムに１枚選ぶ。そのカード１枚を自分の手札に加え、残りを墓地へ送る』効果は、自分のデッキに「聖剣」と名のついたカードが２枚以下の場合、発動する事自体ができません。

なお、質問の状況のように、「聖騎士ボールス」の効果処理時に、自分のデッキの「聖剣」と名のついたカードが２枚以下になっている場合には、効果処理は適用されません。
（デッキから「聖剣」と名のついたカードを選ぶ処理自体行いません。）