自分フィールドに「聖剣を抱く王妃ギネヴィア」を装備カードとして装備している「魔聖騎士ランスロット」と、「白竜の忍者」が存在しています。

この場合、「白竜の忍者」の『このカードがフィールド上に表側表示で存在する限り、自分フィールド上の魔法・罠カードはカードの効果では破壊されない』効果が適用されていますが、装備カードとなっている「聖剣を抱く王妃ギネヴィア」の『●闇：装備モンスターが相手モンスターと戦闘を行うダメージステップ開始時に発動できる。そのモンスターを破壊する。その後このカードを破壊する』効果を発動する事はできますか？

質問の状況の場合でも、装備カードとなっている「聖剣を抱く王妃ギネヴィア」の『●闇：装備モンスターが相手モンスターと戦闘を行うダメージステップ開始時に発動できる。そのモンスターを破壊する。その後このカードを破壊する』効果を発動する事はできます。

その場合、相手モンスターは通常通り破壊されますが、「白竜の忍者」の効果が適用されているため、自分フィールドの魔法・罠カードはカードの効果では破壊されません。
「聖剣を抱く王妃ギネヴィア」は装備されたままフィールドに残ります。