自分の墓地に「コード・トーカー」1体のみが存在する状況で、自分は「リミット・コード」の『①：自分の墓地にサイバース族リンクモンスターが存在する場合にこのカードを発動できる。そのモンスターの数だけこのカードにカウンターを置き、EXデッキから「コード・トーカー」モンスター１体を特殊召喚し、このカードを装備カード扱いとしてそのモンスターに装備する。このカードがフィールドから離れた時にそのモンスターは破壊される』効果を発動しました。

その発動にチェーンして、相手が「D.D.クロウ」のモンスター効果を発動し、自分の墓地の「コード・トーカー」を除外した場合、処理はどうなりますか？

質問の状況のように、「リミット・コード」のカードの発動にチェーンした「D.D.クロウ」の効果によって、墓地のサイバース族のリンクモンスターが除外され、自分の墓地にサイバース族のリンクモンスターが1体も存在しなくなる場合には、『そのモンスターの数だけこのカードにカウンターを置き』の処理を適用する事ができませんので、『EXデッキから「コード・トーカー」モンスター１体を特殊召喚し』以降の効果を適用する事もできません。
（一連のチェーン処理終了後に、発動した「リミット・コード」は墓地へ送られる事になります。）