エクストラデッキからペンデュラム召喚によって特殊召喚された「覇王眷竜ダークヴルム」を対象として、自分の「EM小判竜」の『①：１ターンに１度、エクストラデッキから特殊召喚された自分フィールドのドラゴン族モンスター１体を対象として発動できる。このターン、その自分のモンスターが相手モンスターと戦闘を行った場合、その相手モンスターはダメージ計算後に除外される』ペンデュラム効果を発動しました。

その効果の発動にチェーンして、「月の書」が発動し、対象の「覇王眷竜ダークヴルム」が裏側守備表示になった場合、効果処理はどうなりますか？

「EM小判竜」のペンデュラム効果の処理時に、対象のドラゴン族モンスターが裏側守備表示になっている場合でも、その効果は通常通り適用されます。
（質問の状況の場合、その対象の「覇王眷竜ダークヴルム」がそのターンに表側表示に戻り、相手モンスターと戦闘を行ったのであれば、『その相手モンスターはダメージ計算後に除外される』効果も適用される事になります。）