自分のモンスターゾーンにもう1度召喚した状態の「進化合獣ダイオーキシン」のみが表側表示で存在しています。

この状況で、自分のフィールドゾーンに存在する「化合電界」の『③：１ターンに１度、相手フィールドのカード１枚を対象として発動できる。自分フィールドのもう１度召喚した状態のデュアルモンスター１体を相手のエンドフェイズまで除外し、対象のカードを破壊する』効果を発動しました。

その発動にチェーンして「スキルドレイン」が発動し、「進化合獣ダイオーキシン」のモンスター効果が無効化された場合、処理はどうなりますか？

質問の状況の場合、チェーンして発動した「スキルドレイン」の効果によって「進化合獣ダイオーキシン」のモンスター効果は無効化されますが、もう1度召喚した状態のデュアルモンスターである事に変わりはありません。

この場合、『自分フィールドのもう１度召喚した状態のデュアルモンスター１体を相手のエンドフェイズまで除外し』の処理によって「進化合獣ダイオーキシン」を除外し、『対象のカードを破壊する』処理を通常通り行う事になります。