「時械神ラフィオン」が戦闘を行っているバトルフェイズに、その「時械神ラフィオン」の『③：このカードが戦闘を行ったバトルフェイズ終了時に発動する。このターン、このカードと戦闘を行った相手フィールドの表側表示モンスター１体を選び、その攻撃力分のダメージを相手に与える』モンスター効果が発動しました。

この時、相手のモンスターゾーンに存在するモンスターが、攻撃力0の「スターダスト・ファントム」と、攻撃力2500の「スターダスト・ドラゴン」だった場合、攻撃力0のモンスターを選ぶ事はできますか？

「時械神ラフィオン」の『③：このカードが戦闘を行ったバトルフェイズ終了時に発動する。このターン、このカードと戦闘を行った相手フィールドの表側表示モンスター１体を選び、その攻撃力分のダメージを相手に与える』モンスター効果は、自身が戦闘を行ったバトルフェイズ終了時に必ず発動する効果となりますので、相手のモンスターゾーンに表側表示で存在するモンスターが攻撃力0のモンスターのみだった場合でも、効果は発動し、処理は行われます。

なお、質問の状況のように、攻撃力0のモンスターと、攻撃力2500のモンスターが存在するという状況であっても、「時械神ラフィオン」のモンスター効果によって、攻撃力0のモンスターを選ぶ事もできます。