自分のモンスターゾーンに、自身の『①：この方法で特殊召喚したこのカードの攻撃力は３０００アップする』モンスター効果が適用されている「方界超獣バスター・ガンダイル」が表側攻撃表示で存在しています。

この状況で、「方界縁起」の『①：自分フィールドの「方界」モンスターの数まで、相手フィールドの表側表示モンスターに方界カウンターを置く。方界カウンターが置かれたモンスターは攻撃できず、効果は無効化される』効果を発動し、相手のモンスターゾーンに表側攻撃表示で存在する「青眼の亜白龍」に方界カウンターが置かれました。

その後、「方界縁起」の『②：墓地のこのカードを除外し、自分フィールドの「方界」モンスター１体を対象として発動できる。このターン、そのモンスターが戦闘で方界カウンターが置かれているモンスターを破壊する度に、その破壊されたモンスターの元々の攻撃力分のダメージを相手に与える』効果を「方界超獣バスター・ガンダイル」を対象として発動し、その効果が適用された状態で、相手の「青眼の亜白龍」を攻撃した場合、相手にダメージを与える処理はどうなりますか？

質問の状況の場合、「方界超獣バスター・ガンダイル」と「青眼の亜白龍」はどちらも攻撃力が3000の状態ですので、その戦闘によってどちらのモンスターも破壊される事になります。

この場合でも、「方界縁起」の『このターン、そのモンスターが戦闘で方界カウンターが置かれているモンスターを破壊する度に、その破壊されたモンスターの元々の攻撃力分のダメージを相手に与える』効果が適用されている「方界超獣バスター・ガンダイル」が方界カウンターの置かれているモンスターを戦闘で破壊していますので、「青眼の亜白龍」の元々の攻撃力分（＝3000）のダメージを相手に与える事になります。