「No.45 滅亡の予言者 クランブル・ロゴス」の『①：１ターンに１度、このカードのX素材を１つ取り除き、このカード以外のフィールドの表側表示のカード１枚を対象として発動できる。このモンスターが表側表示で存在する間、対象の表側表示のカードの効果は無効化される』モンスター効果によって、ペンデュラムゾーンに存在する「EMラ・パンダ」を対象に選択しています。

その後、「スキルドレイン」が発動し、「No.45 滅亡の予言者 クランブル・ロゴス」のモンスター効果が無効になった場合、どうなりますか？

質問の状況の場合、「スキルドレイン」が適用された事によって、既に適用されている「No.45 滅亡の予言者 クランブル・ロゴス」の『このモンスターが表側表示で存在する間、対象の表側表示のカードの効果は無効化される』モンスター効果が無効化される事はありません。（対象の「EMラ・パンダ」の効果は無効化されたままとなります。）

なお、「No.45 滅亡の予言者 クランブル・ロゴス」の『②：このカードの①の効果の対象としているカードがフィールドに表側表示で存在する限り、お互いに対象のカード及びその同名カードの効果を発動できない』モンスター効果は、「スキルドレイン」が適用された事によって無効化されます。
（その後に、「スキルドレイン」の適用がなくなった場合には、再び適用される事になります。）