自身の『②：このカードが相手モンスターと戦闘を行ったダメージステップ終了時に発動できる。モンスターゾーンのこのカードを永続魔法カード扱いとして自分の魔法＆罠ゾーンに表側表示で置き、その相手モンスターに方界カウンターを１つ置く』モンスター効果によって、自分の魔法＆罠ゾーンに「方界胤ヴィジャム」が表側表示で存在しています。

この状況で、自分は「EMスカイ・マジシャン」の『②：自分フィールドの永続魔法カード１枚を対象として発動できる。そのカードを持ち主の手札に戻す。その後、手札から「魔術師」永続魔法カード１枚を発動できる。この効果は相手ターンでも発動できる』モンスター効果を発動する際に、その永続魔法カード扱いの「方界胤ヴィジャム」を対象として選択する事はできますか？

質問の状況のように、自身のモンスター効果によって魔法＆罠ゾーンに置かれている「方界胤ヴィジャム」も永続魔法カードとして扱われていますので、「EMスカイ・マジシャン」のモンスター効果の対象として選択する事ができます。
（通常通り、持ち主の手札に戻り、『その後、手札から「魔術師」永続魔法カード１枚を発動できる』処理も適用する事ができます。）