相手のフィールドゾーンに「王家の眠る谷－ネクロバレー」が表側表示で存在し、『②：このカードがフィールドゾーンに存在する限り、お互いに墓地のカードを除外できず、墓地のカードへ及ぶ効果は無効化され、適用されない』効果が適用されています。

この状況で、「オルターガイスト・マリオネッター」の『②：自分フィールドの「オルターガイスト」カード１枚と、自分の墓地の「オルターガイスト」モンスター１体を対象として発動できる。対象のフィールドのカードを墓地へ送り、対象の墓地のモンスターを特殊召喚する』モンスター効果を発動し、自分の魔法＆罠ゾーンの「オルターガイスト・カモフラージュ」と、自分の墓地の「オルターガイスト・シルキタス」を対象としました。

この場合、効果処理はどうなりますか？

「オルターガイスト・マリオネッター」の『対象のフィールドのカードを墓地へ送り、対象の墓地のモンスターを特殊召喚する』モンスター効果は、墓地のカードへ及ぶ効果となりますので、「王家の眠る谷－ネクロバレー」の効果が適用されている場合には、その「オルターガイスト・マリオネッター」のモンスター効果は無効化されます。
（質問の状況の場合、対象としたフィールドの「オルターガイスト・カモフラージュ」も墓地へ送られる事はありません。）