自分のフィールドゾーンに「伝説の都 アトランティス」が表側表示で存在し、自身の『①：このカードは発動後、効果モンスター（水族・水・星１０・攻０／守３０００）となり、モンスターゾーンに守備表示で特殊召喚する。このカードは罠カードとしても扱う』効果によってモンスターカードとして扱われている「メタル・リフレクト・スライム」が自分のモンスターゾーンに存在しています。

この状況で、その「メタル・リフレクト・スライム」を除外して、「潜海奇襲」の『●１ターンに１度、自分フィールドの水属性モンスター１体をエンドフェイズまで除外して発動できる。このターン、自分フィールドの表側表示の魔法・罠カードは相手の効果では破壊されない』効果を発動する事はできますか？

質問の状況のように、「潜海奇襲」の『このターン、自分フィールドの表側表示の魔法・罠カードは相手の効果では破壊されない』効果を発動する際に、水属性のモンスターカードとして扱われている「メタル・リフレクト・スライム」を除外して発動する事はできます。

その場合、『このターン、自分フィールドの表側表示の魔法・罠カードは相手の効果では破壊されない』効果は通常通り適用されますが、除外されていた「メタル・リフレクト・スライム」はエンドフェイズにフィールドに戻る際には、モンスターカードの扱いではなくなっていますので、フィールドに戻った後、ただちに墓地へと送られる事になります。