「エンプレス・オブ・エンディミオン」の『①：このカードが特殊召喚に成功した場合、自分フィールドの他の魔力カウンターが置かれているカード１枚と相手フィールドのカード１枚を対象として発動できる。その自分及び相手のカードを持ち主の手札に戻す。その後、自分フィールドから手札に戻したカードに置かれていた数だけ魔力カウンターをこのカードに置く』モンスター効果を発動し、自分のモンスターゾーンに表側表示で存在し魔力カウンターが置かれている「魔導戦士 ブレイカー」と、相手の裏側守備表示モンスターを対象としました。

その発動にチェーンして、相手が「強制脱出装置」を発動し、対象の「魔導戦士 ブレイカー」が手札に戻り、フィールドに存在しなくなった場合、処理はどうなりますか？

特殊召喚に成功した際に発動した「エンプレス・オブ・エンディミオン」のモンスター効果の処理時に、対象とした自分のモンスターゾーンの魔力カウンターが置かれているモンスターがフィールドに存在しなくなっている場合でも、『自分及び相手のカードを持ち主の手札に戻す』処理は通常通り適用されます。

なお、質問の状況の場合、対象となった相手の裏側守備表示モンスターを手札に戻す処理で完了した扱いとなります。
（自分の魔力カウンターが置かれているカードを手札に戻していませんので、『その後、自分フィールドから手札に戻したカードに置かれていた数だけ魔力カウンターをこのカードに置く』処理は適用されません。）