自分のモンスターゾーンに表側表示で存在する水属性モンスター1体を対象として、相手が墓地の「ブレイクスルー・スキル」の『②：自分ターンに墓地のこのカードを除外し、相手フィールドの効果モンスター１体を対象として発動できる。その相手の効果モンスターの効果をターン終了時まで無効にする。この効果はこのカードが墓地へ送られたターンには発動できない』効果を発動しました。

この場合、自分はチェーンして、「城塞クジラ」の『③：１ターンに１度、自分フィールドの水属性モンスター１体のみを対象とする相手の魔法・罠・モンスターの効果が発動した時に発動できる。その発動を無効にし破壊する』モンスター効果を発動する事はできますか？

自分のモンスターゾーンに表側表示で存在する水属性モンスター1体のみを対象として発動した効果であれば、墓地で発動した相手の魔法・罠・モンスターの効果が発動した時にも、「城塞クジラ」の『その発動を無効にし破壊する』モンスター効果をチェーンして発動する事ができます。

質問の状況の場合、相手の「ブレイクスルー・スキル」の効果の発動は無効になりますが、破壊する処理は適用されません。