相手がチェーン1とチェーン2でそれぞれ「ツインツイスター」を発動しました。

その状況で、自分がチェーン3に「封魔の呪印」を発動し、『魔法カードの発動と効果を無効にし、それを破壊する。相手はこのデュエル中、この効果で破壊された魔法カード及び同名カードを発動する事ができない』効果が適用された場合、相手の発動した2枚の「ツインツイスター」の処理はどうなりますか？

質問の状況の場合、チェーン3に発動した「封魔の呪印」の効果によって、チェーン2で発動した相手の「ツインツイスター」の発動は無効になり、その効果処理は適用されません。

この際に、「封魔の呪印」の『相手はこのデュエル中、この効果で破壊された魔法カード及び同名カードを発動する事ができない』効果が適用される事になりますが、これはその発動を無効にした魔法カードとその同名カードのカードの発動や効果の発動が行えなくなるという効果ですので、既に発動が行われているチェーン1の「ツインツイスター」の効果処理が無効になるわけではありません。

したがって、チェーン1で相手が発動した「ツインツイスター」の効果処理は通常通り行われる事になります。