「宝玉の加護」や「宝玉の奇跡」の①の効果の処理で自分のモンスターゾーンの「宝玉獣」モンスターを破壊する際に、その「宝玉獣」モンスターの効果を適用してそれを魔法＆罠ゾーンに永続魔法カードとして置きました。

その後「宝玉の加護」や「宝玉の奇跡」は墓地へ送られますが、①の効果で「宝玉獣」モンスターが魔法＆罠ゾーンに置かれたことをきっかけとして、墓地へ送られたその「宝玉の加護」や「宝玉の奇跡」の②の効果を発動できますか？

できません。

「宝玉の加護」「宝玉の奇跡」の②の効果のような、条件を満たした場合に墓地で発動できる効果は、そのカードがあらかじめ墓地に存在する状態で条件を満たした場合に発動できます。

上記の状況では、まず発動した「宝玉の加護」「宝玉の奇跡」が魔法＆罠ゾーンに存在する状態で①の効果の処理が行われ「宝玉獣」モンスターが魔法＆罠に置かれます。その後、一連のチェーン処理が完了したのち「宝玉の加護」「宝玉の奇跡」は墓地へ送られます。そのため、「宝玉の加護」「宝玉の奇跡」が墓地に存在する状態で「宝玉獣」モンスターが魔法＆罠ゾーンに置かれたことになりません。