相手の中央のモンスターゾーンに「クロノダイバー・リダン」のみが存在し、そのゾーンを指定して「スプリガンズ・シップ エクスブロウラー」の『①：相手のモンスターゾーンまたは魔法＆罠ゾーンを１ヵ所指定して発動できる。このカードのX素材を任意の数だけ取り除き、その数だけ、指定したゾーン及びその前・後・隣のゾーン（モンスターゾーン・魔法＆罠ゾーン）に存在するカードの中から、相手のカードを選んで破壊する』効果を発動しました。

それにチェーンして相手が「クロノダイバー・リダン」の『②』の効果を発動し、『●モンスター：このカードをエンドフェイズまで除外する』処理を行ったことにより相手フィールドにカードが存在しなくなった場合でも、「スプリガンズ・シップ エクスブロウラー」の『①』の効果の処理でエクシーズ素材を取り除きますか？

「スプリガンズ・シップ エクスブロウラー」の『①』の効果の処理においては、効果の処理時に、指定したゾーン及びその前・後・隣のゾーンに存在する相手のカードの数までエクシーズ素材を取り除きます。

ご質問の状況のように、効果の処理時に、指定したゾーン及びその前・後・隣のゾーンに相手のカードが存在しなくなった場合、エクシーズ素材は１つも取り除かずに効果処理を完了します。