自分の「アフター・グロー」の発動にチェーンして、相手が「サイクロン」が発動し、その「アフター・グロー」自身が破壊され墓地へ送られました。

この場合、効果処理はどうなりますか？

「アフター・グロー」は効果処理として、発動したフィールドの「アフター・グロー」自身を含む、自分の手札・自分のデッキ・自分の墓地及び自分フィールドの表側表示の全ての「アフター・グロー」を除外します。

質問の状況の場合、「サイクロン」の効果によって破壊された「アフター・グロー」が墓地へ送られる事によって、発動したフィールドの「アフター・グロー」自身を除外する事ができなくなっていますので、他の「アフター・グロー」を除外する処理、『その後、除外されている自分のカードの中から「アフター・グロー」１枚を選んでデッキに加える』処理、『次の自分ドローフェイズに、通常のドローをしたカードをお互いに確認する。それが「アフター・グロー」だった場合、相手に４０００ダメージを与える』処理はいずれも適用されません。