エクストラモンスターゾーンに自分の「ダークナイト＠イグニスター」が存在し、そのリンク先となる自分のメインモンスターゾーンに「ウィンドペガサス＠イグニスター」が表側攻撃表示で存在しています。

この状況で、相手が発動した「サンダー・ボルト」の効果によって、自分のモンスターが全て破壊された場合、「ウィンドペガサス＠イグニスター」の『②：このカードがフィールド・墓地に存在する状態で、このカード以外の自分フィールドのカードが戦闘または相手の効果で破壊された場合、このカードを除外し、相手フィールドのカード１枚を対象として発動できる。そのカードを持ち主のデッキに戻す』モンスター効果を発動する事はできますか？

質問の状況のように、「ウィンドペガサス＠イグニスター」を含む複数体のモンスターが相手の効果によって破壊された場合には、「ウィンドペガサス＠イグニスター」の『そのカードを持ち主のデッキに戻す』モンスター効果を発動する事はできません。