自分のモンスターゾーンに存在するモンスターが、「マグナヴァレット・ドラゴン」と「オートヴァレット・ドラゴン」のみの状況で、「ラピッド・トリガー」の『①：融合モンスターカードによって決められた自分フィールドの融合素材モンスターを破壊し、その融合モンスター１体をEXデッキから融合召喚する。この効果で特殊召喚したモンスターはEXデッキから特殊召喚されたモンスターしか攻撃できず、EXデッキから特殊召喚された他のモンスターが発動した効果を受けない』効果を発動しました。

その効果の発動にチェーンして相手が「強制脱出装置」を発動し、「マグナヴァレット・ドラゴン」が自分の手札に戻った事で、融合素材モンスターが1体しか存在しなくなった場合、処理はどうなりますか？

「ラピッド・トリガー」の効果は、自分のモンスターゾーンに存在する融合素材モンスター一組を破壊し、融合召喚を行います。

したがって、質問の状況のように、自分のモンスターゾーンに融合素材モンスター一組が効果処理時に揃っていない状態となる場合には、効果処理は適用されません。
（質問の状況の場合、モンスターゾーンに残っている「オートヴァレット・ドラゴン」が破壊される事はありません。）