「エンプレス・オブ・エンディミオン」の『①：このカードが特殊召喚に成功した場合、自分フィールドの他の魔力カウンターが置かれているカード１枚と相手フィールドのカード１枚を対象として発動できる。その自分及び相手のカードを持ち主の手札に戻す。その後、自分フィールドから手札に戻したカードに置かれていた数だけ魔力カウンターをこのカードに置く』モンスター効果を発動し、自分のモンスターゾーンに表側表示で存在し魔力カウンターが置かれている「魔導騎士 ディフェンダー」と、相手の裏側守備表示モンスターを対象としました。

その発動にチェーンして、相手が「月の書」を発動し、対象の「魔導騎士 ディフェンダー」が裏側守備表示になった場合、処理はどうなりますか？

特殊召喚に成功した際に発動した「エンプレス・オブ・エンディミオン」のモンスター効果の処理時に、対象とした自分のモンスターゾーンの魔力カウンターが置かれているモンスターが裏側守備表示になっている場合でも、『自分及び相手のカードを持ち主の手札に戻す』処理は通常通り適用されます。

なお、質問の状況の場合、対象となった自分の「魔導騎士 ディフェンダー」は裏側守備表示になった時点で、魔力カウンターが取り除かれていますので、『その後、自分フィールドから手札に戻したカードに置かれていた数だけ魔力カウンターをこのカードに置く』処理は適用されません。
（対象のカードを手札に戻す処理にて処理が完了した扱いとなります。）