自分のフィールドゾーンに表側表示の「魔法都市エンディミオン」が存在し、自分の魔法＆罠ゾーンに表側表示の「魔法都市の実験施設」が存在しています。

「魔法都市エンディミオン」と「魔法都市の実験施設」のそれぞれに魔力カウンターが3つずつ置かれている場合、その魔力カウンターを6つ取り除き、手札・墓地の「神聖魔導王 エンディミオン」を『①：このカードは自分フィールドの「魔法都市エンディミオン」に置かれている魔力カウンターを６つ取り除き、手札・墓地から特殊召喚できる』モンスター効果によって特殊召喚する事はできますか？

「魔法都市の実験施設」は『①：このカードは魔法＆罠ゾーンに存在する限り、カード名を「魔法都市エンディミオン」として扱う』効果を持つカードですので、「神聖魔導王 エンディミオン」を『①：このカードは自分フィールドの「魔法都市エンディミオン」に置かれている魔力カウンターを６つ取り除き、手札・墓地から特殊召喚できる』モンスター効果によって特殊召喚する際に、「魔法都市エンディミオン」からだけでなく、「魔法都市の実験施設」からも魔力カウンターを取り除く事ができます。

質問の状況の場合、「魔法都市エンディミオン」と「魔法都市の実験施設」から魔力カウンターを合計6つ取り除く事ができますので、「神聖魔導王 エンディミオン」を自身のモンスター効果によって、手札または墓地から特殊召喚する事ができます。