自分の墓地に2枚の「魔力掌握」が存在している状態です。

この状況で、「魔力統轄」の『①：デッキから「エンディミオン」カード１枚を手札に加える。その後、自分フィールドの魔力カウンターを置く事ができるカードに、自分のフィールド・墓地の「魔力統轄」「魔力掌握」の数まで可能な限り魔力カウンターを置く事ができる』効果を発動し、魔力カウンターを置く処理を行う場合、置く事ができる魔力カウンターを任意に選ぶ事ができますか？

「魔力統轄」の効果処理によって魔力カウンターを置く場合、自分のフィールド及び自分の墓地に存在する「魔力統轄」「魔力掌握」の数まで可能な限り魔力カウンターを置く事になります。

質問の状況の場合、魔力カウンターは3つまで可能な限り置く事になりますので、自分フィールドに存在する魔力カウンターを置く事ができるカードが、魔力カウンターの置かれていない「魔導戦士 ブレイカー」のみというような状況であれば、置ける魔力カウンターの数は最大で1つですので、1つのみ魔力カウンターを置き処理を完了する事になります。
また、自分フィールドに存在する魔力カウンターを置く事ができるカードが、表側表示の「魔法都市エンディミオン」のみというような状況であれば、「魔法都市エンディミオン」は複数の魔力カウンターを置く事ができますので、3つの魔力カウンターを置き、処理を完了する事になります。
（3つの魔力カウンターが置ける状況であるにも関わらず、あえて2つのみ魔力カウンターを置く、というような処理を行う事はできません。）