自分は「轟雷機龍－サンダー・ドラゴン」の『①：このカードがリンク召喚されている場合、自分の墓地のモンスター及び除外されている自分のモンスターの中から、「サンダー・ドラゴン」モンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターに記された、自身を手札から捨てて発動する効果を適用する。その後、そのモンスターをデッキの一番上または一番下に戻す』モンスター効果を発動し、自分の墓地の「サンダー・ドラゴン」を対象としました。

その発動にチェーンして、相手が「D.D.クロウ」のモンスター効果を発動し、対象の「サンダー・ドラゴン」が墓地に存在しなくなっている場合、効果処理はどうなりますか？

質問の状況のように、「轟雷機龍－サンダー・ドラゴン」のモンスター効果を発動する際に、対象として選択したモンスターが墓地に存在しなくなっている場合には、効果処理は適用されません。
（『そのモンスターに記された、自身を手札から捨てて発動する効果を適用する』処理、『その後、そのモンスターをデッキの一番上または一番下に戻す』処理、いずれも適用されません。）