自分のモンスターゾーンに表側表示で存在する「ブラック・ローズ・ドラゴン」を対象として、墓地の「漆黒の薔薇の開華」の『②：このカードが墓地に存在する場合、自分フィールドの、「ブラック・ローズ・ドラゴン」または植物族モンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターを除外し、このカードをデッキの一番下に戻す。この効果で除外したモンスターは次のスタンバイフェイズにフィールドに戻る』効果を発動しました。

その発動にチェーンして相手が「D.D.クロウ」のモンスター効果を発動し、墓地の「漆黒の薔薇の開華」が除外された場合、効果処理はどうなりますか？

墓地にて発動した「漆黒の薔薇の開華」の効果処理時に、「漆黒の薔薇の開華」自身が墓地に存在しなくなっている場合、『そのモンスターを除外し』の処理は適用されますが、『このカードをデッキの一番下に戻す』処理は適用されません。

この場合でも、『この効果で除外したモンスターは次のスタンバイフェイズにフィールドに戻る』処理は適用されますので、対象のモンスター（＝質問の状況の場合、「ブラック・ローズ・ドラゴン」）は、次のターンのスタンバイフェイズにフィールドに戻る事になります。