相手のモンスターゾーンに存在するモンスターが、「カバーカーニバル」の効果によって特殊召喚された3体のカバートークンのみという状況です。

この状況で、自分が「時械神祖ヴルガータ」で相手のカバートークンを攻撃した場合、『②：EXデッキから特殊召喚したこのカードが戦闘を行ったダメージステップ終了時に発動できる。相手フィールドのモンスターを全て除外する。この効果の発動後、ターン終了時まで相手が受ける戦闘ダメージは半分になる』モンスター効果を発動する事はできますか？

質問の状況のように、相手のモンスターゾーンに存在するモンスターがモンスタートークンのみの場合でも、「時械神祖ヴルガータ」自身が戦闘を行ったのであれば、ダメージステップ終了時に、『相手フィールドのモンスターを全て除外する。この効果の発動後、ターン終了時まで相手が受ける戦闘ダメージは半分になる』モンスター効果を発動する事はできます。

結果的にモンスタートークンはフィールドを離れた事で消滅しますが、『この効果の発動後、ターン終了時まで相手が受ける戦闘ダメージは半分になる』処理も通常通り適用されます。

なお、そのターンのエンドフェイズには、「時械神祖ヴルガータ」の『③：このカードの②の効果を発動したターンのエンドフェイズに発動する。その効果で自分が除外したモンスターを可能な限り相手フィールドに特殊召喚する』モンスター効果が発動し、チェーンブロックが作られますが、モンスタートークンが相手フィールドに特殊召喚される事はありません。