自分のメインモンスターゾーンに「銀河の魔導師」のみが存在しています。

この状況で、自分は「銀河天翔」の『①：２０００LPを払い、自分の墓地の「フォトン」モンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターと同じレベルを持つデッキの「ギャラクシー」モンスター１体と対象の墓地のモンスターを守備表示で特殊召喚する。この効果で特殊召喚したモンスターの攻撃力は２０００になり、効果は無効化される』効果を発動し、自分の墓地に存在する「フォトン・オービタル」を対象としました。

その発動にチェーンして、相手が「おジャマトリオ」の効果を発動した事によって、「おジャマトークン」が特殊召喚され、空いている自分のメインモンスターゾーンが1ヵ所のみとなる場合、処理はどうなりますか？

「銀河天翔」の効果処理時に、対象として選択した「フォトン」と名のついたモンスターと、同じレベルの「ギャラクシー」と名のついたモンスター、その2体を同時に特殊召喚する効果です。

質問の状況のように、空いている自分のメインモンスターゾーンが1ヵ所のみの場合、2体を特殊召喚する事ができませんので、効果処理は適用されません。
（対象のモンスターは墓地に残り、デッキからモンスターを選んで特殊召喚する処理も行いません。）