自分が「魔神王の禁断契約書」の『③：自分スタンバイフェイズに発動する。自分は２０００ダメージを受ける』効果によってダメージを受けた時に、「サイバネット・ストーム」の『③：自分が２０００以上の戦闘・効果ダメージを受けた場合に発動できる。自分のEXデッキの裏側表示のカードだけをシャッフルし、その一番上のカードをめくる。めくったカードがサイバース族リンクモンスターだった場合、そのモンスターを特殊召喚する。違った場合は元に戻す』効果を発動しました。

その発動にチェーンして、相手が「虚無空間」を発動した場合、効果処理はどうなりますか？

質問の状況のように、発動した「サイバネット・ストーム」の効果処理時に、「虚無空間」の『①：このカードが魔法＆罠ゾーンに存在する限り、お互いにモンスターを特殊召喚できない』効果が適用され、特殊召喚が行えなくなっている場合には、「サイバネット・ストーム」の効果処理は適用されません。
（『自分のEXデッキの裏側表示のカードだけをシャッフルし』の処理も、『その一番上のカードをめくる』処理も行いません。）

なお、「虚無空間」が既に魔法＆罠ゾーンに表側表示で存在し、モンスターの特殊召喚が行えない場合には、「サイバネット・ストーム」の効果を発動する事自体ができません。