自分が「SPYRAL－ボルテックス」の特殊召喚に成功した際に、「SPYRAL MISSION－奪還」の『①：１ターンに１度、自分フィールドに「SPYRAL」モンスターが特殊召喚された場合、相手フィールドのモンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターのコントロールをエンドフェイズまで得る。この効果でコントロールを得たモンスターは、このターン直接攻撃できない』効果を発動し、相手のモンスターゾーンに表側表示で存在していた「SPYRAL－ジーニアス」のコントロールを得ました。

その後、そのターンに「サイクロン」が発動し、「SPYRAL MISSION－奪還」が破壊された場合、適用されている効果はどうなりますか？

質問の状況の場合、自分が「SPYRAL－ボルテックス」の特殊召喚に成功した際に発動した「SPYRAL MISSION－奪還」の効果の処理は既に適用されていますので、その後に「SPYRAL MISSION－奪還」が「サイクロン」の効果によって破壊されたとしても、対象の「SPYRAL－ジーニアス」のコントロールはこのターンのエンドフェイズまで得たままとなります。
（『この効果でコントロールを得たモンスターは、このターン直接攻撃できない』効果も適用されたままです。）