相手が「死者蘇生」を発動し、自分の墓地から「メタファイズ・ダイダロス」を特殊召喚した際に、自分は「奈落の落とし穴」を発動し、その「メタファイズ・ダイダロス」を破壊し、除外しました。

この場合、自分の魔法＆罠ゾーンに表側表示で存在する「メタファイズ・ディメンション」の『②：このカードが既に魔法＆罠ゾーンに存在する状態で、このカード以外の自分の「メタファイズ」カードが除外された場合、相手フィールドのカード１枚を対象として発動できる。そのカードを除外する』効果を発動する事ができますか？

「メタファイズ・ディメンション」の『②：このカードが既に魔法＆罠ゾーンに存在する状態で、このカード以外の自分の「メタファイズ」カードが除外された場合、相手フィールドのカード１枚を対象として発動できる。そのカードを除外する』効果は、元々の持ち主が自分の「メタファイズ」と名のついたカードが、自分がコントロールしている状況で除外された場合にのみ発動する事ができる効果です。

したがって、質問の状況のように、相手フィールドで除外されるような場合には、「メタファイズ・ディメンション」の効果を発動する事はできません。